在车管所进行车辆上牌时，合格证会被放入车辆的档案中进行存档备案，上完牌后并不会再归还给车主。除了合格证外，车辆档案里还保存着其他一些重要的资料证件，如检测报告单、购置税完税证明、购车发票、保险单以及车主身份证复印件等。这些文件一同保存在档案里，起到了记录和备查的作用。
那么，为什么合格证不会归还给车主呢？这涉及到合格证的另一个重要作用——它可以作为贷款买车的抵押品。如果选择在4S店贷款购车，车辆实际上是给到了车主手中，但合格证并不在车主手上，而是由贷款机构保管。只有当车主还清车贷后，贷款机构才会将合格证归还给车主，并在车管所进行登记状态的更新。这时，车管所会要求车主交还合格证进行存档备案。
抵押合格证贷款虽然便利，但也存在一定风险。贷款买车的流程大致是车主将合格证抵押给银行获得车款，银行再将车款打给4S店来填补所有欠下的车款。如果某家4S店销量情况良好，流程通常会比较顺畅。然而，如果4S店经营不善，例如出现季度积压无法销售的情况，整个流程就会受到影响。
长期的资金断流可能导致4S店陷入财政危机，甚至有些4S店老板选择逃离债务。这样一来，部分在该4S店抵押贷款购车的车主可能无法取回自己的合格证。
特别需要注意的是，如果车主在提车时没有拿到合格证，可能是因为经销商尚未取回合格证，或者是经销商将车辆抵押贷款，需要从银行赎回合格证。如果经销商拒绝提供合格证，车主有权要求解除销售合同并获得相应的赔偿。
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